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Volvió a la Argentina en 1996 y jugó en Boca Juniors durante el período de Carlos Bilardo.
En 1997 pasó a Valencia y luego a Celta de Vigo, donde jugó hasta 2004. Luego de un breve paso por el Córdoba CF, en la segunda división española, volvió a la Argentina. Jugó en Independiente hasta 2006 y luego regresó a Argentinos Juniors, donde se retiró en 2007.
Miguel Ángel Santoro trabajó durante mucho tiempo junto al "Negro" en las inferiores de Independiente. “Siento mucho esto que pasó porque es un amigo, pero lo siento también por el país. Porque estas cosas pasan todos los días, hoy le tocó a alguien relacionado con el fútbol. Yo estoy muy mal, me avisaron a las 5 de la mañana y desde ahí estoy prendido a los medios”, le dijo Pepé a 24CON. “Fernando se había separado y estaba tratando de recomponer su vida con esta chica”, agregó.
Además Diego Maradona envió hoy a su ayudante de campo en el seleccionado, Alejandro Mancuso, hasta el hospital donde se encuentra internado Cáceres para ponerse a disposición de la familia. "Hablé con Diego y me pidió darles a los familiares toda la fuerza para que el Negro se pueda recuperar", sostuvo Mancuso antes de dejar el hospital Carrillo. Mancuso describió que lo ocurrido "es un palazo para nosotros" y confió en el restablecimiento del ex defensor. "Lo más importante es que está luchando por su vida o ojalá salga adelante. El Negrito es muy fuerte, es un toro y ojalá Dios le dé fuerzas". Confió que Maradona pidió "que lo ponga al tanto de todo y darle todo el apoyo a los familiares".